U na prova solida e un gol allo scadere di Boga bastano all'Atalanta per qualificarsi ai quarti di finale di Europa League a spese del Bayer Leverkusen. Dopo il 3-2 di Bergamo, le parate di Musso e i salvataggi di Demiral spianano la strada ai bergamaschi che colpiscono nel recupero con l'ex Sassuolo. L'unica nota stonata della serata di Gasperini è quella che mette subito in salita la trasferta tedesca.
Al 10' si ferma Toloi (problema al flessore) che lascia il campo a favore di Djimsiti. Con Schick e Wirtz infortunati, Seoane lascia in panchina Alario e Azmoun e schiera un 3-5-2 con Adli e Diaby sul fronte offensivo. Proprio Diaby è la maggiore fonte di pericoli della Dea, ma il giovane attaccante spreca tanto. Intorno alla mezz'ora, si accende l'Atalanta: prima con un cross insidioso di Zappacosta per Muriel, anticipato all'ultimo da Tapsoba; poi con Malinovskyi che ci prova dalla distanza ma Hradecky blocca senza problemi.
La prima chance da gol invece si registra al 35': Koopmeiners trova un varco per Muriel che deve accentrarsi perdendo cosi' un tempo di gioco, con Tapsoba bravo a salvare sulla sua conclusione.
Nella ripresa il Bayer sfiora il vantaggio: Demirbay lancia, Diaby scatta alle spalle di Djimsiti ma nel tu per tu con Musso è ancora l'ex Udinese ad avere la meglio con una parata d'istinto. È il miglior momento del Bayer.
Al 52' cross basso dalla destra arretrato di Fosu-Mensah per Aranguiz che calcia alto. Gasperini non cambia e lascia l'iniziativa a Seoane: dentro Bellarabi e Azmoun per Fosu-Mensah e Demirbay. Aumenta il peso dell'attacco tedesco, ma non la produzione offensiva.
Gasperini si gioca la carta Boga per uno spento Malinovskyi. Poi e' il turno di Pezzella e Pessina al posto degli esausti Zappacosta e Muriel. Il Bayer invece tenta il tutto per tutto con Alario, ma l'argentino non entra in partita. A differenza di Boga che nel recupero salta Tah, entra in area e chiude un secondo tempo di sofferenza con un gol meraviglioso.