Secondo le stime più affidabili, sono circa 50.000 i membri della Fratellanza musulmana - compresa la Guida, Mohammad Badie - arrestati in Egitto a partire dal colpo di Stato del generale Abdel Fattah al Sisi del luglio 2013. Uno degli effetti indiretti di questa enorme ondata di incarcerazioni è certamente la crescita, proprio all'interno degli ambienti della Fratellanza, del ruolo delle attiviste. Migliaia di donne, che prima delle rivolte del 2011 già chiedevano una maggiore rappresentanza all'interno del movimento, facendo contemporaneamente i conti con la repressione dello stesso da parte del regime, oggi hanno riempito alcuni spazi di partecipazione politica, divenendo a loro volta obiettivi della repressione di Stato.
Fino ad un decennio fa, come spesso accaduto in seno a movimenti islamisti, le donne della Fratellanza si concentravano su attività di carattere sociale, come il diritto alla casa per famiglie povere. Gradualmente, in corrispondenza delle tenui aperture di Mubarak all'inizio del nuovo millennio, si sono inserite anche nel dibattito politico vero e proprio.
Oggi sono loro, in particolare, a gestire per esempio il sostegno finanziario ai detenuti della Fratellanza. Già nel 2005 e nel 2010, alla vigilia delle due diverse elezioni parlamentari, erano sopratutto le donne a guidare le campagne mediatiche a favore dei candidati vicini alla Fratellanza, eppure il governo aveva continuato a vederle come marginali all'interno del movimento fondato nel 1928 da Hassan al Banna. Ciò si rifletteva anche nel basso numero di arresti di attiviste rispetto alle loro controparti maschili all'interno della leadership, che peraltro fino al 2011 le scoraggiavano dall'esporsi troppo alla repressione statale.
Durante l'era Mubarak, tuttavia, il regime utilizzava altre tattiche per scoraggiare l'attivismo delle "sorelle musulmane": alle elezioni del 2000, per esempio, le autorità arrestarono il marito di Jihan al Halafawi, una attivista della Fratellanza di Alessandria che si era candidata sfidando il rappresentante del partito di governo, ponendo quest'ultima di fronte ad una scelta: correre alle elezioni o veder rilasciato il marito (a sua volta membro della Fratellanza).
Con gli spazi di partecipazione apertisi in seguito alle rivolte del 2011, il protagonismo delle donne in Egitto è aumentato in diverse direzioni e modalità, sia in termini di attivismo indipendente che all'interno delle strutture organizzative della stessa Fratellanza musulmana, che sin da subito ha puntato all'ottenimento del potere passando per le attesissime elezioni del 2012.
Le attiviste della Fratellanza sono tornate così a concentrarsi sul rafforzamento della partecipazione femminile e sulle campagne mediatiche in particolare. Dopo l'elezione di Mohammed Morsi a presidente dell'Egitto nel 2012, all'interno dell'Assemblea costituente incaricata di scrivere una nuova carta costituzionale era stata nominata Omayma Kamel, che nello stesso periodo ha svolto anche le funzioni di consulente presidenziale; Dina Zakaria è stata nominata portavoce del partito Liberta e Giustizia (FJP), emanazione della Fratellanza. Dal 2012, la leadership dei Fratelli musulmani ha dato il via libera all'elezione di donne per la presidenza dei comitati regionali per gli affari femminili, in contatto diretto con i più alti centri decisionali del movimento islamista.
Le donne sono tuttavia assenti per quel che riguarda le posizioni di alto grado all'interno del FJP. Sabah al Sakkari, già membro del segretariato generale, ha provato a candidarsi per la presidenza del Partito nel 2012 ma non è riuscita ad ottenere un numero sufficiente di firme per potersi registrare. Con il ritorno delle repressioni a partire dal colpo di stato del 2013, le sorelle musulmane hanno iniziato ad organizzarsi individualmente, cercando di prendere formalmente le distanze dalla loro affiliazione, e concentrandosi su un lavoro di documentazione delle violazioni dei diritti umani da parte del regime.
Dopo il sit-in di Raba al Adaweya nell'agosto 2013 - dove secondo Human Rights Watch sono stati uccisi 817 sostenitori della Fratellanza - alcune donne hanno fondato Women against the Coup (WAC), il primo movimento di disobbedienza civile post-golpe, composto esclusivamente da donne, e che rimane tuttora uno dei più attivi. Un crescente attivismo che ha avuto il suo prezzo: il 19 luglio 2013, le forze di sicurezza uccisero tre attiviste che avevano preso parte ad una manifestazione anti governativa nella città di Mansoura.
È sopratutto a partire da quell'episodio che le donne della Fratellanza hanno iniziato a organizzare marce e manifestazioni a esclusiva partecipazione femminile. A partire dal novembre 2013, queste donne hanno iniziato a documentare i casi di violenza contro le donne, alleandosi peraltro con l'organizzazione di sinistra Hisham Mubarak Law Centre, che ha istituito corsi sulla tutela dei diritti umani, entrando in diretto contatto con organizzazioni come Human Rights Moitor e Insaniya. Gran parte dei dati sulle violazioni dei diritti umani da parte delle autorità egiziane vengono raccolti da donne.
Dopo che il regime nel 2014 ha designato ufficialmente la Fratellanza come "organizzazione terroristica", all'interno del movimento si è creata una ulteriore frattura tra vecchie e nuove generazioni, ed in particolare sulla strategia da adottare di fronte alle repressioni: i vecchi membri della Fratellanza hanno assunto una postura più possibilista e dialogante, aprendo all'opzione di una riconciliazione nazionale o perlomeno di una contrattazione; le nuove generazioni hanno invece continuato a rivendicare un approccio rivoluzionario, di dissidenza frontale, e prettamente anti-sistema.
Sono stati i giovani Fratelli musulmani nel febbraio 2014 a spingere per nuove elezioni interne al movimento, per riempire il vuoto di potere lasciato dai leader storici, quasi tutti arrestati o costretti all'esilio. La frattura interna si è riprodotta anche tra le "sorelle musulmane": la maggioranza di esse è rimasta vicina alla vecchia guardia, o ha assunto una posizione neutrale. Nel luglio 2016, a seguito di una campagna lanciata da organizzazioni come il National Council for Women (NWC) - molto vicina al governo - nella quale si accusavano le donne della Fratellanza di "pianificare attività terroristiche, incluso l'assassinio del Procuratore generale Hisham Barakat, ricevendo istruzioni dall'estero, attraverso i social media", il Tribunale del Cairo ha dichiarato fuorilegge la stessa WAC, bandendone ogni attività all'interno del suolo nazionale.
Da quel momento, l'organizzazione opera all'estero e alcune delle sue fondatrici vivono all'estero, come Asmaa Shukr, che si è spostata in Turchia con la sua famiglia. Le repressioni del regime, insomma, hanno prodotto effetti ambivalenti sulle donne della Fratellanza musulmana: da una parte la loro accresciuta visibilità le ha rese più spesso obiettivo delle autorità; dall'altra, ha indotto la leadership della Fratellanza a considerare maggiormente le loro istanze di partecipazione. Qualche risultato concreto c'è già: lo scorso anno, per esempio, l'emanazione turca della Fratellanza musulmana ha eletto il primo membro di sesso femminile all'interno del Consiglio della Shura.